自身建設和整合困難重重
三甲醫院的衛生系統最初的定位是社區服務，培養的是全科醫生。隨著國家對社區衛生工作的重視，這些醫院在補償機制、服務內容、場地等方面都進行了相應的調整，許多壹流醫院成為社區衛生站的重要來源。這些社區衛生站的信息化建設繼承了原三甲醫院信息化的特點:
(1).系統相對獨立。因為原來的壹級醫院基本上是各自為政，相互之間缺乏聯系，各個系統基本上只考慮醫院的需求，不考慮對外聯系。
(2)功能比較單壹，尤其是沒有地區信息。原來的三甲醫院規模比較小，系統主要功能是滿足掛號、收費、藥房管理，只有壹小部分統計功能，主要在醫院使用。
(3)系統提供商壹般規模較小。由於三甲醫院信息化投入有限，對大型HIS廠商沒有吸引力，很多為三甲醫院提供產品的公司都是小規模公司。
由於上述特點，整合這些社區衛生站的信息非常困難。如果要采用系統集成的方式，這些小規模的系統開發者是否有足夠的實力是需要認真考慮的問題。另外還需要標準化等工作，他們的工作量可能比建立壹個新的系統還要大。但如果采用完全重新開發壹套系統的方案，系統切換、人員培訓、原有用戶的沖突都將是難題。
附屬醫院之間很難溝通。
壹些地區的社區衛生站附屬於三級醫院。壹般三級醫院會派醫生負責社區衛生站的工作，患者可以在社區衛生站和三級醫院之間相互轉診。然而，由於三級醫院在人力、物力和財力方面的限制，這種社區衛生站的數量有限，並且由於其所依賴的三級醫院的位置，這些社區衛生站很少覆蓋壹個自然區域。
這些社區衛生站的信息化建設有壹部分是依托大醫院完成的，使用的是簡化版的HIS或其某個模塊。因此，這些社區衛生站與其所依托的三級醫院之間的信息交換是可以保證的。
但對這些社區衛生站未來的信息化建設也有負面影響，主要是無法與其他社區衛生站和其他三級醫院進行溝通，無法提供整個區域的健康信息。如果對這些信息系統進行改革，由於這些衛生站的信息系統與原來依托的三級醫院的信息系統緊密結合，會給改革造成很大困難。
區域規劃不利轉診
改革開放以來，人民生活水平迅速提高，同時壹些地方政府也逐漸富裕起來。因此，壹些地方政府資助了社區衛生資源的重新整合，明確了補償機制，促進了社區衛生站的發展。在場館、設備、物資、人員整合的基礎上，各地政府也沒有忘記系統的整合。社區衛生站使用的系統壹般采用政府出資招標采購的方式，既能滿足各類衛生站的需求，又能對整個區域的社區衛生信息進行統壹規劃和管理。
區域衛生規劃的實施保證了衛生站之間信息的統壹互通和資源的統壹配置，對區域內衛生站的建設和發展有很大的幫助。統壹的信息系統需要和大醫院進行通信，才能實現檢查結果的雙向轉診和相互查詢，這也是壹個非常復雜的系統工程。需要建立壹個完整的系統，優化資源配置，同時整合業務和信息，才能達到最佳效果。