要根據國內信息安全的實際需求和未來技術發展趨勢，跟蹤國際信息安全技術發展，有針對性地開展信息安全技術研究，不斷創新，滿足國家信息安全體系建設的需要。工程研究中心專註於以密碼為核心的信息安全關鍵技術的研發，包括高強度認證技術、高性能網絡安全防護技術、高安全系統軟件、安全芯片技術、信息安全工程技術等。
2.成果轉化
工程研究中心作為成果轉化和產業化平臺，擁有信息安全工程所需的壹整套軟硬件環境，可為信息安全科研成果產業化提供必要的支撐條件，有效加速信息安全科研成果轉化，全面拉近企業與科研單位的距離。成果轉化重點是國家信息安全保障體系建設急需的信息安全組件、信息安全基礎平臺和高端核心產品。
3.標準制定和驗證
工程研究中心將根據國家需求，研究制定信息安全國家標準、行業標準和應用標準規範。目前的重點是PKI/PMI/KMI標準、密碼算法和應用標準、安全協議標準、密碼應用接口標準以及各種安全業務標準。此外，工程研究中心將為各種安全標準的壹致性驗證提供工具、手段和基礎環境。
4.安全評估
研究開發信息系統和信息安全產品的安全評估技術、工具和手段，建立先進、客觀、公正的信息安全評估環境，為政府、軍隊、大型企事業單位等各級組織和信息安全產品開發者提供信息系統和信息安全產品的評估服務，測試、評估和驗證信息系統和信息安全產品的安全性，為信息系統和信息安全產品的安全認證提供依據。
5.咨詢服務
按照國際、國內信息安全標準和最佳實踐，為政府、軍隊、大型企事業單位等各級組織提供信息安全咨詢服務，協助開展信息安全評估、安全體系規劃建設、信息安全等級保護、信息安全集成、信息安全工程監理和安全管理等工作，確保各級組織在信息安全規劃、實施和運維的各個階段的有效性和合規性。
6.人員培訓
依托三所下屬實驗室的技術力量，面向全社會個人和組織提供信息安全專業培訓和認證培訓，針對不同層次的需求和對象，普及信息安全理念和知識，提升信息安全管理和開發能力，保障組織信息安全建設和管理的順利開展。