(1)辦公室(外事辦公室)
負責會議組織、消息管理、信訪信息；秘書事務和其他行政事務，如日常政務和資產管理、聯絡和接待、保密和安全；負責機關綜合協調、督查督辦工作；負責水路交通行業涉外工作，開展水路交通國際經濟技術合作與交流。
(2)運輸管理處
負責管理全省水路運輸；擬訂水路運輸管理條例；組織實施國家和省重點物資水路運輸和應急運輸；依法審核水路運輸(服務)企業，審批水路運輸航線和船舶；管理水路運輸價格和運雜費的征收；查處水路運輸非法經營行為。
(3)港口管理辦公室
負責全省口岸管理工作；負責港口、碼頭的開放和關閉，經營範圍和新建港口、碼頭的審批；負責對外開放口岸的審核；負責征收港口費。
(4)航道管理處
負責全省航道的行政管理；制定航道發展規劃；提出航道技術等級劃分方案；審批攔河、穿河、臨河建築物等與通航有關的水工程；依法對違反航道管理的單位或者個人實施行政處罰；指導航道規費的征收。
(5)政策法規司
組織研究全省水路交通發展戰略和產業政策；負責水路交通法規的調研、論證和起草工作；負責水路交通行政執法的監督檢查和行政復議及訴訟；指導水路交通行業體制改革。
(6)計劃統計部
組織編制全省航運、航道和港口規劃，開展交通調查；負責管理全省水運基礎設施建設的相關項目；組織實施重點水路交通項目建設；負責水路交通行業的統計和信息工作；負責水路交通戰備。
(7)財務審計辦公室
組織制定水路交通行業會計、審計規章制度，監督財務計劃的執行；指導水路交通規費的征收和管理；負責水路交通基礎設施建設專項資金的管理；指導和監督直屬單位國有資產的保值增值；執行國家和省的審計規章制度；負責水路交通專項資金審計和局直屬單位行政負責人離任審計。
(8)科技教育司
負責編制全省水路交通行業科技教育發展政策規劃；推進科研和教育體制改革；負責水路交通重大科技項目的實施；貫徹執行國家有關水路交通技術標準和規範，指導全省水路交通行業成人教育和職業技術教育。
(9)人事勞動司
負責局機關和直屬單位的機構編制、人事管理、勞動工資和幹部管理工作；負責局直屬事業單位人員交流和智力引進；指導水路交通行業安全管理。
(10)離退休幹部辦公室
負責局機關離退休人員的管理和服務工作；指導局機關直屬單位退休人員的管理工作。
(11)黨委辦公室
負責局機關和直屬單位的黨群工作；指導水路交通系統精神文明建設；負責黨員幹部的培訓。
(十二)紀檢監察機構。
負責監察局及其直屬單位黨員幹部貫徹執行黨的路線、方針、政策；指導全省水路交通體系建設；負責黨風廉政教育；查處違反黨紀政紀的大案要案。黑龍江航道局哈爾濱航運學校黑龍江海員總醫院黑龍江航道勘測設計院黑龍江松花江航運樞紐建設管理中心黑龍江航運救助站黑龍江航道工程質量監督站黑龍江航運衛生監督所松遼航運規劃所黑龍江黑航工程監理咨詢有限公司黑龍江龍航工程總承包有限公司黑龍江龍航大型設備江海運輸公司