1，企業門檻不同
基礎層、創新層、精選層對上市公司的要求不同，精選層的門檻是三個層次中最高的。此外，監管部門對入選企業的信息披露和監督管理要求更加嚴格。
2.交易機制不壹樣。
基礎層和創新層采用集合競價交易方式，基礎層每小時撮合壹次，創新層每10分鐘撮合壹次，精選層采用連續競價方式交易。
3.投資人門檻不同。
基礎層、創新層、精選層對投資人的資本要求不同。基礎層要求投資者賬戶資產在前10個交易日不低於200萬元，創新層為150元，精選層為100萬元。
綜上所述，新三板基礎層、創新層、精選層的區別還是比較大的，大家需要選擇合適的來投資。
全國中小企業股份轉讓系統(以下簡稱“全國股轉系統”，俗稱“新三板”)是經國務院批準，繼上交所、深交所之後的第三家全國性證券交易場所，也是全國首家公司化經營的證券交易場所，其運營機構為全國中小企業股份轉讓系統有限責任公司(以下簡稱“全國股轉公司”)。
新三板的意義主要是針對公司，會給企業和公司帶來巨大的利益。新三板不再局限於中關村科技園區的未上市股份公司，也不局限於天津濱海、武漢東湖、上海張江的未上市股份公司，而是面向未上市股份公司的全國性股權交易平臺，主要面向中小企業。2019年初有消息稱，證監會全面支持新三板市場發展的文件即將出臺，包括分層等制度安排。
2013 12.30全國股轉系統公司公布14相關配套措施，制定股轉系統擴大至全國的相關規則。新三板相關負責人表示，新三板制度框架基本完備，今日起接受全國符合條件企業的上市申請。
隨著市場的進壹步成熟和完善，新三板將陸續公布相關規則和服務指南。比如在融資工具方面，未來會推出債券和優先股，圍繞債券和優先股如何發行和交易，仍然會有相關的交易規則。全國股轉系統公司總經理謝庚表示，目前已公布的49項業務系統均處於試運行階段。隨著市場的逐步深入，新三板會根據情況完善規則體系。
24日，全國股轉系統在北京舉行新三板全國擴容後首批企業集體掛牌儀式。* * * 285家企業參與，包括中搜在內的266家，今天正式掛牌。至此，全國股轉系統掛牌的企業家數量達到621。
據新三板定增網分析，截至上午10: 30，266家新掛牌公司中已有84家實現首次報價，其中海格物流(430377)於9: 30實現首次交易，成交價16元/股，成交3萬股，成交金額48萬元。所有的買賣代理都是安信證券。TEDA新材(430372)最高報價23.72元/股，23.72實現首單成交。成交股數3萬股，成交金額達到71.1.6萬元。買賣代理都是華林證券。