醫院設有門診部、兒科五官科、口腔科、眼科、急診科、重癥監護室、新生兒科、神經內科、消化科、內分泌科、血液科、呼吸科、腎內科、免疫風濕科、骨科、泌尿外科、心臟病治療中心、普外科、麻醉科、康復中心、兒童保健科、中醫科、檢驗科、功能科、放射科。其中,小兒普外科、小兒重癥監護室、小兒神經內科、骨科為江西省醫學主導專科,檢驗科(遺傳學)、呼吸科、腎內科為江西省醫學主導專科建設學科,小兒心臟病治療中心、康復中心為省衛生廳批準的小兒防治技術中心。醫院擁有小兒麻醉機、腹腔鏡、胃鏡、呼吸機、監護儀、b超、計算機X線斷層掃描系統、計算機放射成像系統、彩色多普勒、纖維結腸鏡、電子纖維支氣管鏡、全自動血培養儀、血液透析機、體外循環機、全自動生化分析儀、液相色譜儀等醫療設備。2010與中國兒童醫學研究中心直屬上海宏慈兒童醫院合作,在兒童疑難病方面取得壹定進展。醫院註重臨床與科研相結合,實施科教興院發展戰略,39項科研成果分別達到國際先進、國內領先或先進水平;30項科研成果分別獲得省部級科技成果獎。