清初，秦檜的曾孫秦德造合並重建，結束了分裂，挽救了壹代名園。秦德造有6個兒子，24個孫子，這些後代中有10被封給了翰林，是壹個非常繁榮的分支。
秦德造邀請了當時著名的風景園林師張廉和張廉的侄子張世，精心布置景觀，理山理水，疏泉疊石，勝景園林。
清代康熙、乾隆皇帝先後六次來園，兩人必來此園，是吉昌園的鼎盛時期。
1746年，秦家討論“只有園亭屬於遊覽之地，必須建立家族祠堂，才能成仙”，於是園中的嘉樹堂改為“雙孝祠”，吉昌園是祠堂的公產，所以吉昌園也叫“孝園”。
1751年，乾隆首次南巡，將吉昌園定為遊覽之地。乾隆以為“江南勝景，唯有惠山秦園最老”，“愛其隱居”，於是帶著圖紙回京，在頤和園萬壽山東麓的清漪園建園，取名“惠山園”。
1811年後改名為“諧趣園”，他認為最好的五個江南園林在北京其他地方被模仿。其他四處早已被毀，頤和園只有惠山園還保存完好。
在吉昌園美人石前的禦碑亭裏，至今還保存著乾隆禦筆。據說，乾隆來此參觀時，認為這塊美麗的石頭昂首挺胸，有男子漢的勇氣，就把它改名為“解馮如”。
園主特意將乾隆的題詞和詩句刻成石碑，立在鏡池前。在石頭的南角，有壹塊不起眼的石頭，像壹只癩蛤蟆，對著美人石流口水，就像癩蛤蟆想吃天鵝肉。
從1684到1784的整個100年間，兩位皇帝巡視江南12次，每次必到此壹遊，留下了許多詩詞、匾額、對聯。吉昌園至今仍有兩塊石碑，分別是康熙的《山色流光》和乾隆的《禦金笳宗》。
清代《紅樓夢》作者曹雪芹的祖父曹寅也在臥雲堂作詩，曰:“惠山題壁”:
抱鳳翔老桂枝，臥雲堂老詩。
分開久了，能佩服秦家。
後來秦家後人將其私家園林奉獻給國家，並將原有的貞節殿納入園內，形成了現存的賓大禮堂。
冰大禮堂簡潔大方，木質格子落地窗裝飾，18風扇。據說這個大廳是為了紀念關公而命名的。
關羽被曹操軟禁後，為了試探關羽，只給了他壹間房。關羽把房間讓給了嫂子，自己站在門外，借著月光看書到天亮。曹操對此十分欽佩。花園的主人更加崇拜關公，稱號是“李冰”，即手持蠟燭，遵守禮儀。
後來，在吉昌園，九獅和石頭相繼得到重建，嘉樹堂，梅婷和鄰近的梵天亭也得到重建。
穿過桂花林，可以看到“九獅臺”。九獅臺是壹座大型假山。整個假山看起來像九只太湖石制成的巨獅。
據說這是根據元代大畫家倪瓚的《九獅圖》改編的。爬上獅頭是全國最高點，整個花園壹覽無余。
幸存下來的嘉樹堂，是吉昌園最北邊的壹座建築。人們站在大殿前，南面美麗的西山、山頂的龍光塔、知魚檻和園中的玉瑾亭融為壹體，形成了“山塔影”的奇妙景象。這就是吉昌園風格的體現。
梅婷位於八音澗假山之巔，站在梅婷的制高點，俯仰眾生。往前走，更奇怪的是，在毫無疑問沒有路的地方，突然拐出了壹條小路，更窄，更彎，更幽。走出窯洞般的洞口，豁然開朗，夾樹塘和金匯前又是壹個村莊。遠遠望去，“閑塔影中見高標準”的西山龍光塔映入眼簾，使景觀感覺更好更開闊。
這是“先抑後揚”造園手法的又壹次巧妙運用。專家稱之為“藏景”，所謂“藏景越深，境界越大。”而且這種藏景和借景的結合，可以創造出意想不到的藝術效果。巴音澗出口處，也是吉昌園景觀的改造樞紐。從這裏，它右轉，創造了壹個新的場景，步入布赫海灘。
相鄰的凡高館位於花園的南面。梵蒂岡是佛教界，亭子建在假山上。因靠近惠山寺，故名“毗鄰梵閣”。原來的建築被摧毀，但幸存下來的後來根據明代王的“吉昌園”的記錄重建。看著鄰近的梵高，可以看到西山的風景。