1.下載安裝自然人稅收管理系統；
2.登錄主界面後，收集人員信息；
3.然後返回到員工信息收集頁面，在這裏可以看到剛剛輸入的員工信息，選擇員工信息欄，點擊提交。顯示驗證後，員工信息采集成功；
4.填寫申報單。點擊主界面中的扣繳所得稅報告表進行填寫，彈出工資薪金錄入界面；
5.點擊〖增加〗按鈕，頁面彈出薪資錄入對話框，錄入員工的薪資信息；
6.返回系統主界面，點擊申報單提交，會彈出提交選項。檢查報表並單擊發送申報單。
7.頁面會彈出密碼輸入框，輸入申報密碼，點擊。確認後，如果申報成功，則完成。
個人所得稅繳納比例:
1.綜合所得(工資薪金所得、勞務報酬所得、特許權使用費所得)適用7級超額累進稅率征稅，按月計算應納稅所得額。稅率按照個人月工資、薪金所得應納稅所得額劃分等級，最高壹級為45%，最低壹級為3%，***7級；
2.營業收入適用5級超額累進稅率。個體工商戶的生產經營所得和企事業單位的承包經營、租賃經營的年應納稅所得額分等級，最低等級為5%，最高等級為35%，等級為* * * 5；
3.比例稅率。對利息、股息、紅利所得、財產租賃所得、財產轉讓所得、偶然所得和其他所得等個人所得征收個人所得稅，適用20%的比例稅率。
綜上所述，企業完成納稅申報並繳納稅款後，可以點擊左側的“查詢統計”菜單，點擊“查詢公司申報記錄”選項，即可通過該功能查詢已申報的納稅記錄。
法律依據:
《中華人民共和國個人所得稅法》第六條
應納稅所得額的計算:
(壹)居民個人的綜合所得，以每壹納稅年度的收入減除費用六萬元、專項附加扣除和依法確定的其他扣除後的余額為應納稅所得額；
(二)非居民個人的工資、薪金所得，以月收入減除費用五千元後的余額為應納稅所得額；勞務報酬、稿酬、特許權使用費所得，應當納稅。
(三)營業收入，以每壹納稅年度的收入總額減除成本、費用和損失後的余額為應納稅所得額；
(四)財產租賃收入每次不超過4000元的，減除費用800元；超過4000元的，扣除20%的費用，余額為應納稅所得額。