2004年，人事部正式批準R&D分部設立“博士後工作站”。2005年，R&D分部被上海市科委認定為上海市高新技術企業，並於同年經上海市科委和上海市教委批準，分別成立了“上海中藥制劑(匯仁)工程技術研究中心”和“上海市研究生聯合培養基地”。
R&D分部擁有壹支以教授和博士生導師為首的高素質人才隊伍，現有員工50余人。截至目前，公司已引進博士6名，其中博士後2名，碩士15名。這些著名大學的專家學者的博士生、碩士生進入R&D系後，逐漸成為研發骨幹。在此基礎上，R&D分部組建由國內知名專家學者組成的專家咨詢團隊。這些專家經常與R&D分部交流，來企業講課，進行課題指導，對R&D分部的發展起到了很大的作用。
目前，R&D分部擁有HPLC、GC、LC-MS、GC-MS、UV、IR、AAS、微波真空幹燥機、自動溶出進樣系統、中壓色譜設備、微波逆流提取裝置、醫學檢驗多功能機、微波消解儀、軟膠囊生產線等大型科研儀器設備50余臺，可滿足各種現代中西藥物制劑工藝研究的需要。
R&D分部擁有天然藥物化學、化學合成、藥物分析、中西藥物制劑實驗室和壹個試驗項目中心。各學科由相關專業的博士牽頭，下設項目與信息管理中心、註冊管理中心、新藥臨床研究中心。具有各類中西新藥立項、項目設計、實驗研究、中試、臨床、註冊全過程的技術團隊和實施能力。
R&D事業部落戶上海以來，已完成90多個中西藥新藥研發，獲得60多個新藥生產批文。目前在研或承擔的新藥項目超過130個，其中進入ⅱ期臨床試驗的超過10個。自2004年以來，R&D分部共承擔各級科技項目13項，其中國家級項目5項，省級項目5項，市級項目3項。R&D分部在該領域突破了多項關鍵技術，近期申請並獲得了多項國家發明專利(***16)，其中大部分已轉讓並產業化。
R&D分部已為上海中醫藥大學、國家中藥制藥工程技術研究中心、綠谷集團上海綠谷研究院、上海金村藥業股份有限公司等上海多家醫藥R&D機構和企業提供中試研究等技術服務..
此外，R&D賽區非常重視加強全國範圍內的橫向聯系，與北京大學、北京協和醫學院、中國科學院上海藥物研究所、復旦大學、上海交通大學、第二軍醫大學、天津大學、中國中醫科學院、上海醫學工程學院、中國藥科大學、沈陽藥科大學等全國知名科研機構建立了良好的合作夥伴關系和技術平臺。