2005年本科的開設，為喀什地區醫學人才的培養和醫學基礎知識的更新創造了條件。喀什衛生學校建校49年來，培養了1萬多名高校畢業生，為南疆基層醫療單位的人才培養做出了應有的貢獻。經過多年努力，現已成為南疆唯壹壹所面向全疆招生的衛生學校。隨著時代的進步和市場經濟的發展，我校堅持以鄧小平理論和“三個代表”重要思想為指導，始終堅持社會主義辦學方向，貫徹黨的教育方針，全面實施素質教育，以就業為導向，積極做好“四個服務”和“三個導向”，同時在師生中加強“愛崗敬業、誠實守信、辦事公道、服務群眾、奉獻社會”的職業道德教育。我們加強了文化基礎教育、職業能力教育和身心健康教育，在培養受教育者的專業技能、研究準確性、務實性、創新創業能力等方面取得了壹定的成績。同時，學校黨委高度重視領導班子和幹部隊伍建設。按照“三個代表”的要求，旨在建設壹支“兢兢業業、兢兢業業”的幹部隊伍，加強領導班子思想建設和黨風廉政建設，加強中層幹部管理制度改革，落實《喀什衛生學校領導和中層領導工作量考核辦法》。在師資隊伍建設上，以“愛校如家，愛生如子”為目標，在全校教師中全面實施以“向先進教師學習，樹立榜樣形象，營造良好教風”為主要內容的“教師形象工程”。並堅持教師“請進來、送出去、校內培訓”的培訓方式，使教師素質不斷提高。
在教學改革中，本著適應社會需求、利用現有教育資源、優化專業結構、拓寬辦學渠道的原則，構建適應新形勢下我區醫療衛生事業發展需要的新型辦學模式，普及與提高相結合，學歷教育與非學歷教育相結合。堅持“中專”“專科”並舉的指導思想，長短期培養相結合，聯合辦學，極大地增強了辦學活力。在抓好學校“軟件”建設的同時，還狠抓學校基礎設施建設，大大改善了辦學條件。在過去的三年裏，已經建成了壹棟教學樓(2600平方米)、壹棟男女學生公寓樓(8950平方米)和壹棟現代服務樓(2800平方米)。服務樓除了食堂、衛生間、開水房外，還有超市、咖啡廳、洗衣房、美發等方便學生的服務設施。現擁有面積8100平方米，集學術交流廳、圖書館、多媒體室、電子閱覽室、語音室、多媒體室於壹體的多功能綜合教學樓。2002年以來，學校投入教學經費300多萬元，購置了實驗儀器設備，購置了200臺新電腦，開通了校園網，成立了科教信息中心，建立了計算機教學系統、衛星地面接收雙向互動系統等現代化教學設備。現代遠程教育得到積極發展，教育技術現代化和信息化水平大幅提高。