從公章公布開始，就開始了傳奇的經歷。傳說公元前219年，秦始皇南巡洞庭湖時，風浪驟起，他的船即將被毀。始皇帝把玉璽扔在湖裏，把海浪獻祭給神靈，這樣他就可以安全渡過這個湖了。八年後，他行至華陰平舒路時，有人拿著玉璽站在路上，對始皇帝的侍從說:“請把這枚玉璽還給祖龍(秦始皇所召)。”說完就消失了。傳聖旨，還秦。
秦末戰爭，劉邦領兵先入鹹陽。秦亡君子嬰贈“田字印”給劉邦。劉邦建漢即位，她傳國璽，史稱“漢傳國璽”。此後，玉璽壹直珍藏在長樂宮，成為皇權的象征。西漢末年，王莽篡權，皇帝劉英才兩歲。玉璽由小源太後掌管。王莽命令安陽侯王順強迫太後交出玉璽，被太後激怒。太後壹怒之下把玉璽扔在地上，玉璽的壹角被摔了下來，然後被黃金填滿，從此留下了瑕痕。
王莽戰敗後，玉璽幾經易手，最終落入漢光武帝劉秀之手，並流傳到東漢皇帝手中。東漢末年，十名常侍作亂，年輕的皇帝倉皇而逃，還來不及拿走玉璽。回到皇宮後，他發現玉璽不見了。孫堅的人在洛陽以南的龔振京挖出了壹具宮女的屍體，並在她脖子上的錦囊裏發現了“玉璽”。孫堅視之為吉祥之兆，於是開始了他的皇帝夢。沒想到，孫堅軍中有人將此事告知了袁紹。袁紹聽說後，立即扣留了孫堅的妻子，逼迫孫堅交出玉璽。後來袁紹兄弟戰敗，“國旨”還給了漢獻帝。
三國站穩了，玉璽歸魏，三國統壹了，玉璽歸金。西晉末年，北方陷入頻繁改朝換代、動蕩不安的時代。“國家法令”不斷被質疑和剝奪。永嘉五年(公元311)，玉璽歸還原琮。東晉鹹和四年(公元329年)，後趙滅前趙，得玉璽；冉閔，後趙將軍，殺了石堅自立，並重新獲得了玉璽。這壹階段出現了幾個“私印”，包括東晉自印、西燕慕容永印、姚欽印等。南朝時，當他到達梁武帝時，侯景反叛，並被剝奪了聖旨。侯景戰敗後不久，玉璽被放入棲霞寺的井裏，由寺裏的和尚撈出來保管，然後獻給陳武帝。
隋唐時期，“玉璽”還是統治者的寶貝。消失於五代