隆武二年(1646。順治三年)，鄭之龍向清朝投降，但鄭成功未能勸阻，只好帶領少數兵馬離開金門。不久，隆武帝(唐王朱)被俘，絕食而死。
鄭成功在列嶼(小金門)起兵，發誓要與清朝作戰。他與叔父鄭鴻逵、鄭煉、蔡政在閩南全州度過了幾年時光。
當時閩南局勢混亂。除了明清官軍，到處都是土豪和山賊，互相爭鬥，向附近的百姓收取錢糧，就像當地的皇帝壹樣。
與這些地方勢力相比，鄭成功的軍備相對完備，但由於軍隊太大，領土太小，他面臨著提高工資的重大問題。
李詠第三年(1649。順治六年)，鄭成功改任李詠的朔後，於十月間決定出兵南下。除了進攻閩南的清軍，他還計劃制服沿路的城鎮和村莊作為食物來源，並壹度攻占潮州等地。然而，由於地方士兵的不確定性，鄭成功無法控制利益分配的權力，所以他不得不憤怒地撤退。
李勇四年(1650，清順治七年)鄭成功回閩南後，鄭嘉俊成了漢奸。為了擴大自己的勢力，鄭成功借口鄭煉在廈實行暴政，百姓苦不堪言，暗殺了鄭煉。他接管了鄭煉的軍隊和領土，成為名副其實的鄭嘉俊元帥，並實際獲得了金門和夏門作為基地。
李詠第九年(1655。順治十二年)，鄭成功被提升為延平郡王。由於李詠和鄭成功的勢力相距甚遠，李詠特別授權鄭成功設置六名官員和官員負責行政，同時允許他任命官職，設武官壹名，文官六名。
每次鄭成功祭奠官員時，朱淑貴和明朝宗室都會被邀請觀看儀式，以示對制度的尊重。
鄭成功還將夏門(當時的中左所)改名為思明府，並建有武館，以便鄭成功親自監督官兵們練習。
李詠十二年(1658。順治十五年)，鄭成功率領17萬水軍在浙東與張煌言會師，展開聲勢浩大的北伐。大軍進入長江前，在陽山水域遭遇颶風襲擊，損失慘重，不得不暫時退回廈門。
次年，鄭成功再次率領大軍北伐，與張煌言軍隊壹起，順利進入長江，攻克鎮江、瓜州及周邊的南京。張煌言部還收復了蕪湖壹帶十余郡，江東壹時動搖。
後來由於鄭成功計劃拖慢清軍的兵力，不料遭到清軍的襲擊，導致鄭軍大敗，損失兵力，包括甘慧等將領。
鄭成功戰敗後，曾試圖攻占崇明縣，作為再次進攻長江的陣地，但久攻不下，只好退回廈門。
南京之戰是鄭成功壹生中最重要的壹場戰役，但卻是先盛後衰，以大敗告終，使鄭成功的反清大業遭受致命挫折。
北伐南京失敗後，鄭成功的兵力被大大削弱，面臨軍糧不足的問題。
鄭成功決定去臺灣省為軍隊提供給養。
李詠十五年(1661年。順治十八年)，鄭成功留太子鄭經鎮守廈門，兵二萬五千，戰船數百艘。他從金門的羅灣出發，經澎湖進軍臺灣省。
打敗荷蘭人後，鄭成功在臺省大規模推行墾荒政策，以積累軍糧，積極準備下壹次大規模遠征。
太可惜了！鄭成功抵臺不久，於李勇十六年五月(1662年六月二十三日)病逝。臨死前高喊“我沒臉見我地下的前任皇帝”，死於39歲。