2、負責編制港口規劃、航道規劃，審批、組織實施交通主管部門編制的水運規劃；
3、負責港口水域、陸域和港口岸線的使用，通航水域、航道的管理；
4、負責港口和航道建設及監督管理；負責港口和航道基礎設施的管理；
5、負責港口企業的資質認定；
6、負責港口引航和船舶檢驗機構的管理；
7.組織港口供應，制定全境內客貨調度計劃，並組織實施；
8.負責組織實施搶險救災、軍事運輸、港口作業和指令性物資運輸，協調組織旅客、貨物和船舶壓港時的疏散工作。
9、負責征收港航費，監督管理港口企業經營費。
10，負責港口生產經營安全監管、港口機械管理和技術崗位培訓管理。
11，負責港口行業統計。
12.及時收集港航信息，定期出具分析報告，為水路運輸企業、各類運輸船舶和貨主提供咨詢服務。
針對舟山港港區面積大、港區分散、貨主碼頭多、航運企業多的實際，舟山港組建了機構精簡、分工合理、職能明確、運作規範的三級港口管理機構，在全市4個縣區設立港口分局，在重要島嶼或港區設立17港口管理檢查站和2個檢查站，形成了市局→縣分局→管理站(點)
舟山航運管理服務局
根據《舟山市委、舟山市人民政府關於印發
(壹)貫徹執行國家、省、市水路運輸管理的方針、政策，受交通行政主管部門的委托，依據水路運輸的法律、法規和規章，配合全市水路運輸行業管理。
(二)維護全市水路運輸(服務)市場平等競爭秩序，負責水路運輸市場準入、經營和退出的管理；指導運輸質量管理，協助調查處理重大運輸質量事故。
(三)負責全市水路運輸管理、執法、監督和違法行為查處。
(四)按照省、市水路運輸發展規劃，編制和實施運力發展計劃目標。
(五)負責水路運輸市場調查，掌握市場動態，為政府決策提供科學依據，促進航運業發展。
(六)負責有關法律法規的宣傳和實施；組織水路運輸從業人員的學習和培訓，提高其素質。
(七)檢查、監督和指導水路運輸企業的安全管理，提高企業安全管理水平。
(八)負責全市水路交通行業統計；交換、分析、預測和使用全市水路交通行業抽樣統計數據。
(九)負責全市航運費的征收和管理。
(十)承辦舟山港務局交辦的其他工作。