屬於事業單位，其主要職責如下:
(壹)負責本市醫療保險基金的編制、管理、支付和審核。
(二)負責本市醫療保險個人賬戶管理和基金結算支付。
(三)負責本統籌地區社會保險醫療費用的審核、結算和醫療管理。
(四)負責本市公費醫療管理和公務員基本(補助)醫療費用的審核、結算和管理。
(五)負責新醫改方案的組織實施，以及本市非統籌地區參保人員的醫療費用結算和醫療管理服務。
(六)負責與社會保險定點醫療、醫藥機構簽訂醫療服務協議，進行相關政策宣傳和業務培訓；協助勞動和社會保障行政部門指導、監督、檢查、定期評估和考核定點醫療藥品機構政策法規和醫療服務協議的執行情況，對定點醫療機構實施常駐監督管理；負責定點醫療、醫藥機構記賬醫療費用的審核。
(七)負責監督檢查二級經辦機構辦理的特定門診項目，以及二次復診、轉診、異地就醫審批等業務事項。
(八)負責編寫社會保險醫療服務管理的標準、規程和宣傳資料，為相關業務提供查詢和咨詢服務，受理相關投訴。
(九)負責社會保險醫療業務信息系統的需求和測試，負責標準庫建設和數據管理維護。
(十)組織並參與社會保險醫療服務及相關政策的調查和統計分析。
(十壹)負責二級醫療保險經辦機構的統籌、指揮和管理。
醫保局的單位性質是國家行政機關，隸屬於地方人力資源和社會保障局。
醫療保險局的主要職責:
1.負責受理基本醫療保險、工傷保險、生育保險和離休幹部醫療費用統籌基金的審批、支付、管理等日常事務。
2.為參加基本醫療保險、工傷保險和生育保險的用人單位、職工和離退休幹部提供相應的管理服務。
根據十三屆全國人大壹次會議批準的國務院機構改革方案，設立中華人民共和國國家醫療保障局，為國務院直屬機構。