1.提供的信息不同。營業執照提供法人身份證、營業場所證明和照片，醫療機構執業許可證則需要相應的診療信息和資質；
2.根據行業不同，申請營業執照的人都是行業，申請醫療機構執業許可證的人只針對醫療行業。
營業執照是法律主體進行市場交易資格的法律證明。目前有法人營業執照、個人獨資企業營業執照、合夥企業營業執照、個體工商營業執照。營業執照由工商局核發，年檢。營業執照是某些行業依法必須取得許可證的憑證，由主管部門批準。醫療機構執業許可證不同於營業執照辦理機構。營業執照辦理機構為市場監督管理局，醫療機構執業許可證辦理機構為衛生部門。
法律依據
中華人民共和國公司登記管理條例
第六條國家工商行政管理局負責下列公司的登記:
(壹)國務院國有資產監督管理機構履行出資人職責的公司和該公司投資設立並持有50%以上股份的公司；
(二)外商投資公司；
(三)法律、行政法規或者國務院決定規定應當由國家工商行政管理局登記的公司；
(四)其他應當由國家工商行政管理局登記的公司。第七條省、自治區、直轄市工商行政管理局負責本轄區內下列公司的登記:
(壹)省、自治區、直轄市人民政府國有資產監督管理機構履行出資人職責的公司，以及該公司投資設立並持有50%以上股份的公司；
(二)省、自治區、直轄市工商行政管理局規定的註冊自然人設立的公司；
(三)法律、行政法規或者國務院決定規定應當由省、自治區、直轄市工商行政管理局登記的公司；
(四)國家工商行政管理局授權登記的其他公司。
醫療機構管理條例
第十條申請設置醫療機構，應當提交下列文件:
(壹)設立申請書
(二)可行性研究報告；
(三)選址報告和建築設計方案。第十六條申請醫療機構執業註冊，應當具備下列條件:
(壹)有醫療機構設置批準書；
(二)符合醫療機構基本標準；
(三)有合適的名稱、組織機構和場所；
(四)有與其業務相適應的資金、設施、設備和專業衛生技術人員；
(五)有相應的規章制度；
(六)能夠獨立承擔民事責任。