網絡的匿名性讓人們敢於更真實地表達自己，不用擔心社會評價，可以避免面對面交流中的擔心和尷尬，但也帶來了責任感的缺失——當事人可以肆無忌憚地展示自己內心的隱私和黑暗。有些人甚至會編造誇張離奇的故事來填補內心的空虛。本著維護利益，服務客戶的職業標準，咨詢師應該是基於對客戶的信任和尊重，但他還是忍不住苦笑:對方是假的，我卻要真誠。
2.不完全信息
網絡咨詢是壹種間接的人際互動。聽不到對方的聲音，看不到對方的眼神、表情、手勢，雙方溝通中很多有價值的信息就缺失了。僅僅通過文字有時很難達到和語言表達壹樣的效果。在面對面的溝通中，心理咨詢師會結合當事人的對話和表情進行綜合分析和推斷，及時做出適當的反應。但在網絡咨詢中，如果當事人或咨詢者文字表達能力不強，會極大地影響咨詢的進程和效果。
3.咨詢和面試的關系長期不穩定。
心理障礙的消除不可能立竿見影，藥到病除。因此，當代心理學家和臨床工作者大多強調建立壹種相互信任和協商的關系，需要壹段時間雙方共同討論，才能把問題搞清楚，才能取得滿意的治療效果。在網上咨詢中，有的人上網是為了消遣，或者把上網當成壹種休閑娛樂的方式，行為具有試探性和隨意性。有的人只來壹次就消失了，有的人很久以後又出現了。雖然有些人希望通過網絡咨詢來解決自己的心理困惑，但非常遺憾的是，他們的抵觸或猶豫不能被咨詢師及時察覺並給予有效的反饋，或者咨詢師的對抗讓他們感到不舒服(而對抗往往是有效咨詢的必要條件)，就在問題即將被厘清的時候，非常遺憾:他們逃了。
4、受制於技術水平、網絡環境、網站管理等客觀因素。
網絡心理咨詢要求服務對象和咨詢者具備便利的上網條件，具備壹定的網絡知識和計算機水平，要求網絡操作正常，傳輸速度快。國內某心理網站出現服務器故障，導致大量郵件滯留，輔導員回復無法發送。
目前國內大部分在線心理服務都是免費的，這對網民來說當然是好事，但是網站要為辦公場所、設備、咨詢師的工作付費。商業的基本原則是追求利潤，提供免費午餐只是壹種經營手段，如果服務沒有得到預期的回報(比如吸引廣告)。或者網站財力有限，必然影響在線咨詢的發展。
綜上所述，心理咨詢是壹項專業性很強的工作。雖然在線咨詢有著其他咨詢方式不具備的優勢，但是它的弱點和局限性也是非常明顯的。客戶與心理醫生通過互聯網的交流是間接的，停留在淺層次，遠不如面對面咨詢直接、具體、親密、深入、可操作性強。即使未來網絡技術有了很大的提高，即時視聽應用於在線咨詢，人們可以利用多媒體進行在線互動。網上心理咨詢不能代替網外長期、系統的面對面咨詢。
同時也要看到，互聯網已經滲透到社會生活的方方面面，利用互聯網開展心理咨詢已經成為不可阻擋的趨勢。網絡咨詢因其便捷、安全、經濟、省時、自由等特點和優勢，將隨著網絡技術的發展和網絡的進壹步普及和加速而不斷發展，並逐漸被越來越多的人所接受，成為推動心理咨詢行為成長和擴大、促進國人心理健康、保障社會和諧穩定的重要力量。當然，同時也需要技術和法律的支持，讓接受心理服務的個人和提供心理服務的網站從中獲得更多的利益。