首先會有壹些沈降，所以如果控制不好，可能會造成房屋不均勻沈降，出現裂縫。通常的方法是在挖掘隧道時通過向土壤中灌漿來控制它。
然後就是震動的問題，主要是舒適性問題，幾乎不涉及安全性。但會影響到地上建築中的精密儀器。精密儀器，尤其是光學儀器，對這個非常敏感，周圍的地鐵基本就完了。對於普通居民來說，表現就是少數房屋可能會有震動和不適。不是失控，只是看花，不花錢就做。比如上海地鐵10號線自己做了軌下隔振，這個影響很小~
在規劃地鐵線路時，會優先考慮現有的城市規劃道路，這樣可以避免拆遷和投訴下穿住宅或商業建築的問題。然後，如果線路走向與道路沖突，必然導致高層建築下穿，通常會采用隧道開挖方式(可以用機器直接從地面挖，不用從地面挖)，以增加隧道埋深，軌道會盡量通過減震避免對上部結構的影響。如果只是路過高樓，也可以在這裏建壹個地鐵站，通過加固做壹個通道與大樓連接，方便增加客流。
有時候確實不可避免的要從建築物下通過，甚至有時候極端情況下需要從原建築物的樁下通過，所以不得不拆除原樁進行位移。處理方法是在地下合適的位置繼續往下壓樁，然後按照設計荷載做壹個吊梁，把原來的樁承載在後來做的吊梁上，再做壹個地鐵的拱形隧道。
另外，日本立交橋跨樓，重慶輕軌跨樓~設計合理又舍得花錢，什麽都不是問題~