黨委書記、副館長:韓先紅。
黨委辦公室
負責圖書館黨委決策的貫徹、協調和檢查；協助博物館黨委做好紀檢監察、工會、共青團和統戰工作；做好黨務工作。
館長辦公室
執行黨委和館長辦公會議的決定；協助圖書館領導組織、協調和監督圖書館的業務工作；負責全館業務制度和業務規範的建設和管理；做好秘書工作、機要檔案、業務統計、對外宣傳、外事交流、出訪接待、收發圖書信件等工作。
人事組織部
貫徹黨委和館長辦公會議的決定；負責組織發展、幹部管理、人事考核、職稱評聘、繼續教育、薪酬管理、人事檔案和離退休人員工作。
工會
做好員工的思想工作，維護員工權益；開展職工文體活動，做好職工福利和女職工保健工作。
後勤支援部
做好後勤保障工作，負責全庫的財務工作、物資采購和車隊管理，做好固定資產管理工作。
物業管理部
做好新建樓和其他樓的管理工作，負責全樓的綠化、保潔、保安、設備設施管理；做好固定資產管理和物資采購工作；做好全館“三業”管理工作。
社會工作部
搞好講座、展覽、培訓、社交活動等。，並負責承辦會議、展覽及各類活動。
編輯部
建立有特色的文獻保障體系；做好中外文件的采購和處理工作；做好官方目錄的組織和維護工作；負責國際交流。
讀者服務部
網絡環境下為讀者提供借閱、閱讀、檢索、參考咨詢、文獻傳遞、館際互借等服務；負責收集文件的管理；開展讀者活動和讀者培訓；匯編兩到三份文件；利用圖書館資源和數字資源提供信息增值服務；負責分館、圖書流通點建設和盲人圖書館工作。
信息資源開發部
負責圖書館文獻資源的開發和數字資源的加工制作；匯編各種專題數據庫；負責江蘇文化網和南圖網站建設；做好網絡信息資源的組織開發工作。
信息技術應用部
負責圖書館業務自動化系統和網絡的管理和維護以及數字圖書館建設的技術應用；做好圖書館各部門應用軟件的二次開發和維護工作；全館自動化設備的統壹管理和維護；辦好省文化信息資源共享工程省分中心；負責自動化軟件的研發和推廣。
歷史文獻部
為讀者提供歷史文獻的閱讀和咨詢服務；負責歷史文獻的分類、加工和收集；做好歷史文獻保護和修復工作；開發利用館藏歷史文獻。
研究指導部
負責省級公共圖書館系統的業務輔導和業務培訓；開展圖書館學、情報學及相關專業的學術研究；做好江蘇省圖書館學會秘書處工作。
期刊編輯部
負責新世紀圖書館的編輯、出版和發行工作。