長航局的主要職責是:組織或參與長江幹線航運法規草案，制定長江幹線航運發展戰略，組織編制長江幹線航運中長期規劃和五年計劃，經批準後監督實施；負責長江幹線航運的行政管理，航運市場的宏觀調控，監督管理，規範長江幹線航運建設市場，以及長江幹線港口和航運設施建設、岸線布局使用的行業管理；組織長江幹線沿線國家重點物資和應急物資運輸，協助軍用物資運輸；監督管理長江幹線客貨運輸、航運基礎設施工程和水運工程的質量；負責長江幹線航道管理、樞紐導航、通信、引航、衛生監督、水運規費征收，以及長江幹線航道行業相關統計和信息指導；按規定管理長江水上安全監督和航運治安工作；指導長江幹線水運行業的體制改革、法制建設和結構調整；組織船舶重大科技開發，推進行業技術進步和信息化；協調長江水系十三個省市的港航管理和長江水系水資源綜合開發中的相關航運工作。
長航局目前有6個直屬單位，其中長江海事局、長江航道局、長江三峽航務管理局為局級單位，長江航運公安局為副局級單位，長江航運總醫院、中國航道報刊社為局級單位。
(2)中華人民共和國長江海事局是國務院批準的交通部直屬14海事局之壹，正廳級(局)。其前身是:交通部江航管理局，1965經國務院批準成立；7月更名為江港航空監督局，交通部部長1989；而長江海事局成立於6月1999。代表國家依法履行水上安全監督管理職責，管轄長江渝皖段2100公裏幹線、1000公裏支流(支渠)水域和19座水庫(湖)，負責長江幹線宜賓至上海段的安全通航保障和引航服務。
這裏要說明的是:長江江蘇段水上安全監督管理職責不屬於長江海事局，屬於江蘇海事局。引航服務仍由長江海事局引航中心承擔。