中山醫院:擅長肝癌、心血管疾病、呼吸內科的綜合治療，尤其擅長肝移植。
華山醫院擅長神經外科、神經內科、皮膚科、骨科(尤其是手外科)，江蘇路分院是乳腺專科。
華東醫院:老年病特色。
復旦大學附屬兒科醫院:主體已搬到閔行區顧戴路，小兒外科在國內很有名氣，分離了很多連體嬰兒。
復旦大學附屬腫瘤醫院:腫瘤學和病理學上海領先。
復旦大學附屬眼耳鼻喉科醫院(耳鼻喉科醫院):眼科、視光學、眼外傷、耳鼻喉科等疾病。
復旦大學附屬婦產科醫院(紅房子醫院):不孕不育。
復旦大學附屬公共衛生臨床中心:原上海市傳染病醫院，收治各類合法傳染病。
上海交通大學醫學院附屬
瑞金醫院:血液科、燒傷科、內分泌科最強，腎內科、消化科、感染科在上海也處於前列。
仁濟醫院:擅長消化內科、風濕免疫科、神經外科、婦產科，也是上海人類精子庫所在地。
新華醫院:是綜合性醫院，但是兒科全國有名。小兒心血管、小兒血液、小兒外科全國壹流，水平遠高於兒童專科醫院。對於成人來說，心血管、消化和神經病學是重點學科。
上海兒童醫學中心:新華醫院下屬的兒童專科醫院，專門從事兒童先天性心臟病手術。
上海交通大學附屬上海兒童醫院:靜安區北京西路，普陀區有新院，在遺傳病和小兒泌尿外科方面有優勢。
上海市第壹人民醫院:眼科、眼底病、中醫消化系統疾病、泌尿外科、心臟外科、器官移植位居前列。
上海市第六人民醫院:在糖尿病、斷肢再植(骨顯微外科)、超聲醫學等領域頗有名氣。
上海市第九人民醫院:以口腔科、整形外科、關節外科為主，是整形外科領域的佼佼者。
上海交通大學附屬上海胸科醫院，徐家匯附近，肺癌，心肺功能障礙，胸水很強。
上海市精神衛生中心:隸屬於上海市心理咨詢中心，在精神疾病和心理咨詢方面有較好的實力。
國際和平婦幼保健院:徐家匯衡山路，開展試管嬰兒，不孕不育，女性保健強。
上海中醫藥大學附屬
龍華醫院:擅長治療惡性腫瘤、骨退行性疾病、腎病、風濕病、乳腺病、脾胃病、呼吸系統疾病等。，其中以中醫外科和中醫腫瘤最為著名。
曙光醫院:浦東既有盧灣又有張江，擅長中醫肝病、骨科、中醫腎病、糖尿病、脾胃病。
嶽陽中西醫結合醫院:針灸推拿、中醫婦科、中醫血液科比較好。
位於閘北區之江中路的市中醫院，在兒科、失眠、紅斑狼瘡方面各有特色。
第二軍醫大學附屬
長海醫院:楊浦區長海路，專業為肝膽外科、心胸外科、燒傷外科、血管外科、血液科、消化科。
長征醫院:頸椎病、脊柱病手術(脊柱外科)全國聞名，具有骨科、神經外科、器官移植、腎病、皮膚真菌病、多發傷治療等特色。
東方肝膽外科醫院:肝腫瘤、介入治療、復雜膽道手術、肝移植處於國內先進水平。
同濟大學附屬
同濟醫院:原名甘泉醫院，並入同濟大學後才真正發展起來，心內科和精神科稍微好壹點。
肺科醫院:擅長肺移植，在職業病、肺部腫瘤、肺氣腫等領域領先。
同濟大學口腔醫院:上海唯壹的三級口腔醫院，但名氣不如九院口腔科。
上海市第十人民醫院:中醫心腦血管、視力恢復、外傷急救在上海處於領先地位。
同濟大學附屬第壹婦嬰保健院:產前診斷和圍產期醫學實力雄厚。
有關醫院的詳細介紹，請點擊
上海有沒有壹流的醫院，有什麽特色？——黃藥師的回答