(1)綜合秘書科
協助中心領導做好重大決策的準備工作，負責領導決策的組織實施；負責綜合協調、目標管理、文秘檔案、保密和法律工作；負責人事財務、辦公後勤和國有資產管理；負責綜合管理、安全保衛、計劃生育文體組織管理工作。
(2)監督和評估科
負責行政服務中心各項規章制度和措施的制定、實施、檢查和監督執行；組織對窗口單位及其工作人員的工作進行管理和考核；負責組織、協調、指導和監督本級人民政府所屬部門、機構的政務服務工作；負責督促和協調縣(市、區)政務服務中心報送本級人民政府所屬部門和機構審批的政務服務事項；指導縣(市、區)政務服務工作；承擔與市政府行政效能監察投訴中心的協調工作。
(3)網絡信息管理部分
負責信息化建設和網上審批的實施和監督；政府信息的組織、管理和發布的管理以及政務服務中心數據庫的建設和維護；負責政務服務中心網絡(互聯網、政務服務網及相關網絡)的組織和管理以及設備的規劃、使用和維護；承擔窗口單位及其工作人員網絡政務信息的業務指導；指導縣(市、區)網上審批。
(4)投資項目服務科
負責投資項目聯合辦公和並聯審批的組織、協調、後續服務和監管；辦理招商引資新投資項目和現有企業技術改造項目的全過程行政審批服務；承辦政府服務項目的調整和變更；承擔政務服務中心的咨詢服務和管理工作。