現有環境生態研究所、環境規劃研究所、環境政策法規研究所、環境統計研究所、水環境研究所、大氣環境研究所、固體廢物環境研究所、清潔生產研究所、第壹環境咨詢評價所(非汙染生態環境評價所)、第二環境評價所(戰略環境評價所)、第三環境評價所(項目環境評價所)、編輯部等12個科研部門。
具體功能如下:
(1)政策法規研究:協助政府部門研究制定全省重大環境保護政策和管理措施，為環境管理宏觀決策提供科學依據。開展環境經濟、清潔生產、循環經濟、生態補償和排汙權交易政策法規研究。
(2)環境風險防範、環境預警和環境應急技術研究:為應急現場處置提供技術支持；對突發環境事件的損失、環境汙染治理、生態修復等問題進行調查和評估，提出生態環境修復建議；評價突發環境事件應急預案的適應性和有效性，並提出修訂建議。
(3)規劃制定和方法研究:承擔全省環境保護中長期和年度規劃、流域或區域環境保護規劃、全省汙染物排放總量控制規劃和實施方案、相關汙染防治和生態保護專項規劃的編制。開展規劃技術方法研究。
(4)環境統計研究:開展環境統計和經濟數據分析，為政府宏觀決策提供技術支持；開展環境統計調查研究；參與環境統計檢查；承擔全省統計業務指導和業務培訓。
(5)環境標準、技術方法等研究。:評估生態環境質量、生態功能區服務功能、汙染發展趨勢；開展大氣、水汙染控制和防治、固體廢物處理和資源化、生態保護、清潔生產和循環經濟、環境影響評價等領域的技術方法、規範、基準和標準研究。
(6)開展環保科技交流與合作:協助省環境科學學會開展學術交流等事宜，編發《四川環境》雜誌，促進省際及國際環保科技交流與合作。
(7)為社會提供科技服務和咨詢，包括環境影響評價、項目驗收、清潔生產審核、汙染治理、生態修復、水土保持等業務。