1.上海師範大學教育科學研究所
上海師範大學教育科學研究所成立於1983。它在學校主管部門的直接領導下，堅持以鄧小平“三個面向”理論為指導，實施“科研興教”戰略，為上海市教育管理、基層學校和廣大教育工作者的教育科研活動服務。當時形成了小組織、大網絡、多活動、廣輻射的工作格局，為上海基礎教育改革做出了突出貢獻。
2.上海大學城市文化電子研究所是上海市人民政府教育委員會新成立的首批六個研究所之壹。
城市文化電子研究所是利用現代電子技術，以開放性、動態性和虛擬性為特征的新型研究機制。所謂開放，就是不同於過去封閉、自給自足的研究機構；所謂動態，就是不同於過去靜態的、固定的研究機制；所謂虛擬，是相對於之前龐大的研究實體而言的。
上海師範大學天體物理研究中心是學校直屬的科研機構。本中心主辦了2007年中國引力與相對論天體物理學年會。
目前，天體粒子物理是上海市教委重點學科。中心的理論物理學科是上海師範大學的重點學科。該中心由宇宙學、黑洞物理和計算物理組成，承擔國家級項目9項，上海市級和上海市教委項目3項。中心的研究工作緊扣國際研究前沿，與美、英、法及臺灣省學術界密切合作，取得了顯著的研究成果。
該中心主要有四個研究方向，宇宙學、引力理論、黑洞物理和計算物理。