1.獨家供應商問題:供應鏈中存在獨家物流供應商。由於供應商的服務區域和管理能力有限，獨家物流供應商政策可能會給某些區域的服務帶來風險。
2.委托代理機制固有的信息風險:選擇合適的第三方物流提供商作為供應鏈物流服務的合作夥伴，是加強企業供應鏈物流管理的最重要基礎。
3.企業文化的問題。不同的企業壹般都有自己的企業文化，這可能會導致對同壹問題的不同看法，從而導致差異，影響物流供應鏈的穩定性。
4.IT技術的缺陷會制約供應鏈物流的作用。比如網絡傳輸速度、服務器穩定性和運行速度、軟件設計缺陷、病毒等等。
5.信息傳遞中的問題。當供應鏈物流的規模和服務範圍不斷擴大，結構越來越復雜時，供應鏈中信息出錯的幾率也在增加。此外，信息傳遞的延遲會增加企業供應鏈物流管理的風險。
6.經濟波動風險。經濟高速增長容易導致市場物流供應不足，影響企業正常的物流服務，而經濟不景氣也會增加產品的庫存成本。
可以也必須采取措施來防範和控制風險。
1.考慮組合供應商的形式:根據企業物流管理業務的需要，可以考慮在不同地區選擇不同的第三方物流合作夥伴進行物流服務，避免獨家第三方無法應對不同地區業務而帶來的物流風險。
2.建立基於互聯網、面向電子商務的第三方物流管理信息交流平臺，加快和加強對產品庫存、物流指令執行、物流成本等相關信息的實時跟蹤管理。在第三方物流服務過程中，提高信息的享受性和透明度。
3.建立合作信用機制，加強物流服務合作各方之間的信用管理，不斷提升合作信用。