嘉靖三十九年(1560)三月，戚繼光改派參預臺州(今臨海)、金華、兗州(今建德東北)等地，駐軍松綁。明朝廷派唐·巡臺，督海防軍務。5月，他上書浙江當局，分析了臺州地區的軍政弊病，提出了整改措施:壹是分名，使都督、千戶、百戶、旗兵等。履行職責，使訂單有序傳遞；二是懲治貪官，解決士卒貧困；三是對刁俊、刁官再次進行處理，讓建康院的官員敢於履職；第四，嚴肅軍紀；五是對陣亡將士寬宏大量；第六，查衛生院戶籍，讓衛生院有效支援部隊作戰。9月，胡宗憲上疏，請求兵部不要隨便提拔戚繼光，“專待浙直總人手不足時”，“以便請示”(《戚少保毛年譜》卷壹)。)。此後，經過戚繼光的整頓，臺州形成了較為堅固的防禦體系，戚家軍成為浙江抗日的主力軍。“然後征天下兵，土人開始征服日本人”(《齊少保年譜》卷壹)。)。
嘉靖四十年(1561)四月，2000余名倭寇分乘50余條小船，集結在寧波、紹興壹帶海域，伺機入侵。戚繼光，12日親自帶領水兵出海巡邏。得知臺州準備充分，敵人聞風而逃，後於十九日在奉化息烽登陸。當天晚上，他們進入寧海的益都團，大肆掠奪，企圖吸引明軍主力，然後乘勢進犯臺州。戚繼光識破敵人的詭計，作出軍事部署:
他壹個守臺州，壹個守海門，於二十二日上午率領主力到達寧海。同日，侵華日軍以不同方式入侵泰州:壹路500余人在陶鑄東北荔浦登陸，欲入侵陶鑄；壹路日船前後，八艘船帶著五六百人在新河所的周揚港靠岸，他們密謀對新河犯罪。沿途2000多名日本海盜25日在跳躍站拋錨。戚繼光分析敵情，認為入侵新河之敵正在向城內逼近。他決定先在裏面圍殲，他還是率軍進攻寧海的主要敵人。24日，敵人在新河城外大肆掠奪，城內守軍空虛，人心惶惶。戚繼光夫人推出女子“假兵裝，上布萊希特。用密集的條幅，敵人壹齊吶喊，敵人“疑有備，不敢攻城”(《齊少保年譜》卷二)。)。第二天，戚繼光派部將去援助新河，監軍唐也率領部隊從海上去援助。26日，援軍與敵人在新河城下激戰，兩次被擊潰，殘敵逃往溫嶺。當時寧海的海盜都躲得遠遠的，只有陶鑄的海盜趁機逃往南方。戚繼光以為敵人要攻打臺州城，於是入侵臺灣。27日中午，齊家軍疾馳至臺州城下，敵軍也進入離城2裏的花街。齊家軍隊的士兵們趕了70英裏，他們沒有時間吃飯，也就是說，他們投入了戰鬥。敵人以“壹”字戰鬥，戚家軍前鋒以火器迎頭攻擊，其他部隊乘勢沖鋒。壹名敵軍首領左手持矛，右手持刀，企圖引兵反擊。戚繼光脫下身上的銀甲，說:“妳若能第壹個捉拿此賊，就以此甲賞他為第壹賞。”(《齊少保年表匯編》第二卷。)身強力壯的朱玨帶著膀子沖了出來，很快就打死了日本頭目，連殺7個日本人。明軍奮勇作戰，奮力追趕，打敵四十余裏，“五戰五勝”，* * * *斬首三百零八，活捉巨魁二，生擒溺死不計其數”(《齊少保年譜》卷二)。)?他還解救了5000多名被俘人員，只有3人被殺。
5月初，停泊在健跳哈頭的2000多名倭寇棄船登陸臺州東北大田鎮，企圖劫掠府城。戚繼光領兵迎敵，敵人不敢犯臺州，從巷子裏逃走，企圖劫掠滁州(今溧水)。戚繼光伏擊上峰嶺，寡不敵眾，消滅344人，俘虜5人，交出武器1490余件，解救俘虜1000余人。當齊家軍凱旋而歸時，泰州城內的居民隔著過道二十裏互相問候，歡呼聲如雷。
5月中旬，3000余名倭寇從寧海出逃，在長沙(今溫嶺東南)登陸。戚繼光水陸並進，於20日突襲敵軍。倭寇大部分被消滅，只有300多人乘船逃跑，被戚繼光派出的水軍消滅。此役繳獲武器3240件，船只11艘，解救群眾1200余人。經過壹個多月的鏖戰，戚家軍抓獲並斬首倭寇1400余人，燒死淹死4000余人。此時，總兵呂堂、將軍牛天喜也相繼擊敗了寧波、溫州的倭寇，浙江的倭災暫時平息。齊家軍的名聲遠播，敵人聽說都嚇得逃跑了。由於抗擊倭寇有功，戚繼光於9月被提升為總司令，並招募新兵3000人，使戚家軍人數增至6000人。有了這樣的軍隊，浙江的海防得到了進壹步鞏固。