辦公會議、財務、人事、機要、檔案、安全保衛、行政後勤和接待工作；為非公成員企業員工出具出國(境)證明，辦理政審。
實驗室
開展非公有制經濟和工商聯工作的調查研究，為本協會參政議政提供材料；起草協會的重要文稿和相關材料；收集、整理和報告信息、社情民意；工商史料和工商聯(商會)會刊的收集、整理和研究；為會員企業提供政策法規咨詢服務。
成員辦公室
省工商聯的組織建設、會員發展和管理；維護會員的合法權益；就成員的政治安排提出建議；非公有制企業會計人員會計證的頒發和管理；會員費管理；非公有制企業人員專業技術資格(職稱)評審。
任務辦公室
宣傳黨和國家的方針政策，倡導愛國、敬業、守法；宣傳非公有制經濟代表人士的先進典型和事跡；編輯出版《江蘇工商》雜誌；對會員進行教育和培訓。
經濟部門
為會員企業提供融資、審計和法律咨詢服務；配合政府有關部門進行技術監督和價格管理；組織會員企業參加展覽會和交易會；幫助會員企業提高管理水平；成員企業星火、火炬計劃和股票上市項目申報；企業的指導和管理；組織和推動會員開展扶貧活動。
聯絡處
組織會員出國考察、展覽，協助會員發展外向型經濟，協助政府引進資金、技術和人才。
信息中心
通過計算機網絡和各種媒體收集、整理、研究和發布各種經濟、技術、市場、會議和政策信息；為國內外企業提供業務查詢、市場調研等服務。