主要職責:負責中心的日常行政管理及人員的考核與鑒定；負責中心的黨建、宣傳、精神文明建設、綜合管理和安全工作；負責中心的基建管理、固定資產管理和車輛、保潔、安保等後勤服務；負責中心的日常開支，管理和編制預決算，以及人事和工資調整；
檢查辦公室
主要職責:負責行政效能監察，查處違紀違法行為，受理和承辦投訴舉報；負責法制宣傳教育和創建法制合格單位；負責檢查和評估中心員工的出勤和日常行為規範。
綜合協調科(主服務臺)
主要職責:負責中心的行政許可、行政服務和窗口標準化建設；負責政府收費的征收和各部門收費的管理；負責中心窗口、中介機構和直屬分支機構的業務管理和考核；負責“綠色通道”和咨詢指導臺的管理；負責窗口工作人員的休假申請和申請人的日常考核。
項目服務科
主要職責:負責工業項目聯審、施工圖聯審、工業項目聯審；負責重點項目的項目服務、聯審、聯辦、副辦、現場辦公、預約服務；負責項目服務的評估和鑒定；負責條碼卡的制作和管理。
業務檢查組
主要職責:負責制定集中催收行為監管制度和年度計劃並組織實施；負責跟蹤檢查建設項目各許可環節的效率；負責監督重大建設項目主要審批環節相關業務數據的壹致性。
信息管理科
主要職責:負責制定中心信息化建設計劃並領導組織實施；負責計算機、網絡軟硬件維護、網絡安全、機房管理；負責中心應用軟件的開發和門戶網站的維護與更新。
洋口港店
主要職責:負責涉港項目的咨詢服務、受理及網上申報；負責領導、協助、跟蹤和協調涉及香港的項目。