王被押解回京後，被人用棍子打，捆在麻袋裏，用亂棍打。不過他“還是挺有福建氣質的，抗拒無罪。”趙茜用壹大筆錢賄賂了部裏的小官員，並詢問了其他可能在羅誌這座監獄裏的人。他還陰謀誣告他用銀子賄賂官方倉庫搬運工，以便將他處死。庭審中，他毫不畏懼地反駁說:俸祿雖免，卻是朝廷的財產。怎麽才能自己留著？這筆錢全部存在密雲水庫，有據可查。首都欽差大臣王直道及其部下等。紛紛要求免刑，最後“改為刑部監三年”，與黃道周、王倫初、王思仁、馬四立等人同獄，封號“六君子”。
崇禎十七年，即清順治元年(1644)，清兵入關。朱友松，斧王人，南明時授忠孝節度紹興知府，副職為禦官。他覺得惡中夾雜著善，所以拒絕接受他的辭呈。唐王朱在撫州稱帝，為隆武帝著想，召見忠孝，賜光祿寺，陳述光復之策。隆武帝喜出望外，派人特巡關，賜劍壹把，於是便宜行事。但當時軍權完全掌握在鄭之龍手中，忠孝無壹兵壹卒。他審時度勢，“回放法令”。不久，桂王朱友郎在廣東肇慶即位，改名為，拜王為右侍郎兼太常殿大臣。
王十分關心反清復明事業。他去了王堂、王陸、桂王等地。並試圖恢復明朝。他經常與的反清將領鄭鴻逵、、和的反清將領、周聯系，其中給寫了18封信，竭盡全力謀劃反清，碩果累累。
鄭成功在廈設立了初現和周宇兩個博物館，得到學者們的廣泛認同。王、、沈荃、顧朝劍、陸若騰等人都曾赴廈，與結緣。王和鄭成了知心朋友。鄭成功多次想任命壹個官員，並經常參考軍事計劃。他雖未任官職，卻經常對軍事出謀劃策，向推薦同安教的兒子陳定的兒子，說陳有“經濟才能”，被用來參軍。後陳永華為臺灣省的發展和建設做出了不朽的貢獻。
順治十八年，渡海東進，王、沈權等人留守，輔佐鄭靖王鎮守廈門，調度諸島。康熙二年(1663)，隨沈權、陸若騰入臺，受到鄭經厚待。他在鄭靜生活了四年，他總是在默默無聞中度過晚年。康熙六年病逝。