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藥師的佛教道場石室佛寺位於龜甲山腳下，面對靈九山。據漳州府、隴西縣、海城縣的記載，石室佛寺始建於唐二年(686年)，原是供人修行的石室。後唐同光三年(925)，建為寺廟。宋英宗治平二年(1065)，修建或增建。元代徐佳(1334)，由慧安和尚重修，建龔凡、僧室、塑佛像，成為名寺，奠定了石廟的規模。明天第八年修(1464)。寺廢棄於明朝成化年間(1465-1487)。隆慶(1569-1571)三至五年間，漳州山治開元寺僧人雲軒主持修復，修建了佛堂、山門、廊子，並在其周圍新建了圍墻。清朝是石室寺的全盛時期，朝廷頒布聖旨，獎勵寺內的佛教藥師滅瘟疫的事跡(聖旨碑至今保存完好)。懸拱年屬閩南開漳、陳元光授第壹刺史之時。據新編纂的《廈門佛教誌》記載，石室寺是閩南剛開發時最早修建的寺院之壹。
石室寺在宋、元、明、清、民國時期多次重修，院內有許多石碑記載著這些歷史。明末，倭寇入侵閩浙沿海。戚繼光將軍領兵殺敵，敵兵大驚。龜甲山至今仍有祁將軍的抗日遺跡，“幽城古村”和“尖山古村”。佛寺前至今還有壹個馬槽，有壹定的歷史參考價值。佛寺東側是各個朝代的僧尼墓，多為清代。院子裏有很多古老的墓碑，沒有被破壞。此外，明代著名高僧徐征的母親壽玉，規模也很大。其中，在寺廟旁邊發現了三座明代該寺住持父母的墳墓，這是中國寺廟中罕見的特殊現象。
千年古剎，雄偉龜甲山，雄偉禿鷲山，傳世十八景。如今，許多景點只成為歷史名詞，但仍有許多景點供後人欣賞，如“山湖”、“劍試石”、“山瀑”、“仙腳印”、“觀音崖”等等，也留下許多傳說供後人揣摩。
1.山石堆砌:寺後山有許多山石堆砌的景物，如天降神龜、西遊記人物等。據說秦始皇統壹全國後，是壹座平山，讓人用鞭子把石頭趕進海裏，趕石頭的人懈怠了。到了玳瑁山，看到眼前的大海，以為可以搞定。睡了壹覺醒來，那群石頭已經安定下來了，所以今天就留在這裏。
2.觀音崖:在寺廟和烏龜湖之間有壹座高100米的懸崖叫觀音崖。這座寺廟過去被村莊包圍著。村裏有個寡婦，因為受不了村民的誣告，在廟裏的佛前發了惡意的願，於是爬上了山，跳下了廟後的懸崖，以證明自己的清白。多虧觀音相救，才安然無恙，故稱“觀音崖”。
3.試劍石:文殊菩薩曾為藥師道場，應在佛寺。烏龜山神向菩薩求佛。在回答之間，菩薩用劍試了試象征佛教之美的石頭，就像壹把劍，斬斷了世間的壹切煩惱。這個痕跡是留給後人去致敬的。
4.仙足石:佛寺後面有壹塊名為“仙足石”的巨石。相傳古代有龜作祟，擾民。村民來到佛寺為觀音菩薩祈福，菩薩各顯神通，烏龜煉成石頭，在菩薩站立的地方留下腳印。故稱“仙足石”。
1997，受市佛教協會委托，受當地居士邀請。鐘鳴大師來到寺廟的住持那裏推廣藥劑師的方法。鐘鳴大師畢業於閩南佛學院，獲得學士學位。他駐寺後，發起了復興石室寺藥師古道的宏願，以自學為主，舉辦各種法會，對外宣傳佛法，積極促進與社會各界的交流，並於2000年初創辦了廈門石室寺慈善功德會。功德社以“師佛慈悲，弘揚藥師精神”為宗旨，以“感恩、凈化心靈、珍惜福報”為理念，聯合大批青少年和熱心人士參與慈善活動，舉辦了助學、扶貧、環保、助醫、義賣、文化講座、關愛老幼、有益於凈化人心的各種慈善活動。
這座石廟於2004年重建。修復後的石廟占地6萬平方米，建築面積1.5萬平方米。整個寺廟依山自然上升，層次分明，錯落有致。在朝北的中軸線上，有最長的108m照壁、放生池、法堂、大雄寶殿、藥師秘壇、12生肖壽字墻、祈福鐘殿等。主體突出，氣勢磅礴。東側以下建築為伽藍寺、鼓樓、僧院、地藏殿、觀音閣、琉璃塔、藥師塔、藏經閣。西側有內外山門、五百羅漢、福壽樓、福慧樓、客堂、抄經堂、五觀堂、大法講堂、祠堂、鐘樓等。