負責防汛抗旱防風指揮部的日常工作；負責組織、協調、監督和指導全市防汛排澇工作，實施全市重要水利工程的防汛防風抗旱調度。
(二)廣州水庫移民工作領導小組辦公室。
負責貫徹落實中央、省、市有關水庫移民的方針政策；處理水庫移民遺留問題，協調指導水庫移民安置和移民村基礎設施建設的安置和扶持工作。
(3)廣州市水務局服務中心(市水務信息中心)
負責局機關固定資產管理和後勤服務，局機關計算機信息網絡的管理和維護，水務信息化建設。
(四)城市排水監測站(市水質監測中心、市水土保持監測站)
負責監測河流、湖泊、水庫的水質水量、城鄉供排水、水土保持。
(5)市水務工程建設管理中心(市水務工程招標管理辦公室)
負責水工程規劃和項目設計的技術審查及水工程招標管理。
(6)廣州市水利工程質量安全監督站
負責市政水務工程質量安全生產的監督管理，指導區、縣級市水務工程質量安全監管工作，查處水務工程建設中的質量安全事故和違法行為。
(7)廣州市何沖管理處
負責組織實施《廣州市河道管理條例》和城市河道及防洪排澇工程建設管理，負責中心城區河道、人工湖、黃埔水閘及車阪湧、獵德湧、沙河湧引水工程的運行管理。
(8)廣州珠江堤防管理處
負責珠江幹流廣州段堤防的建設和管理，以及已建成堤防的管理和維護。
(九)廣州市流溪河流域管理委員會辦公室(白坭河堤防管理處)
承擔流溪河流域管理委員會的日常工作，組織實施流溪河流域管理條例；負責白坭河流域的管理；組織實施流溪河、白坭河幹流堤防工程的建設和管理。
(10)廣州市汙水處理工程管理處(廣州市排水設施管理中心)
負責城鄉汙水處理和城市排水工程的組織實施，指導排水設施的日常維護並實施監督管理。
(十壹)廣州流溪河灌區綜合管理處
負責流溪河灌區工程的日常維護和安全運行管理。
(12)廣州市李希攔河灌區管理處
負責李希攔河壩工程的日常維護和安全運行管理。
(13)廣州市湄洲水庫管理處
負責梅州水庫工程及其附屬電站的日常維護和安全運行管理，梅州水庫移民管理，水庫防汛抗旱的組織實施。
(14)黃龍帶水庫管理處。
負責黃龍帶水庫工程的日常維護和安全運行及其附屬電站的管理，負責組織實施水庫防汛抗旱。
(15)廣州市白雲湖水利工程管理處
負責白雲湖水利工程的日常維護和相關管理。
(16)廣州二次供水技術咨詢服務中心
負責自來水生產、輸配全過程的水質監測和管理，特別是居民二次供水水池的采樣監測和水質監督檢查，為廣州市二次供水行業提供技術業務咨詢、指導和幫助服務；為室內供水設施、施工、維護、清洗、新設備提供安全技術性能檢測和推廣應用等服務。
(17)廣州市水科學研究所
為大壩安全測控、洪水和雨水預報系統、自動閘門控制系統、水利工程信息管理和決策支持提供設計和施工服務，提供建築材料試驗、水土試驗、建築物位移觀測、水利水電工程監理等服務。
(18)廣州水利規劃勘測設計研究院
承擔我市水利發展綜合規劃和研究的具體工作；承擔大中型水利水電工程、給排水工程、防災減災工程、灌溉工程、除澇及水環境綜合治理工程的工程咨詢、勘察設計；承擔水工程建設、三防應急搶險、水毀工程恢復重建等涉水工程安全專項論證工作。