風險壹:買賣雙方信息不對稱
由於房地產商收取契稅的主要原因是為購房者辦理房產證和土地證，至於契稅是否應該由房地產商收取，收取的稅率是否正確，收取後房地產商是否在稅務部門繳納，房地產商是否到房管和國土部門履行了辦證手續，這些信息購房者無法及時掌握。如果涉及違法收稅，在向房地產商追討無果的情況下，稅務機關只能依法向納稅人即購房者追繳稅款。那麽，購房者勢必處於重復征稅的尷尬境地。
風險二:收稅的程序不合法。
在征收契稅潛規則的影響下，很多房地產開發商在未取得稅務機關委托其代征稅款許可的情況下就征收契稅，直接違反了《稅收征收管理法》第二十九條的規定。除稅務機關、稅務人員和依照法律、行政法規受稅務機關委托征收稅款的單位和個人外，任何單位和個人不得進行稅收征收活動，否則將承擔《稅收征收管理法》規定的法律責任。
風險三:納稅人與法律不符。
因為房地產開發商不是法律意義上的契稅納稅人，稅務機關向房地產開發商追繳稅款在法律上沒有依據，相應的執法文書無法送達給它，追繳手續無法履行。即使雙方達成協議，也可以向房地產開發商追討稅款。如果房地產開發商挪用稅款，導致稅款不能及時繳納，那麽稅務人員也要承擔相應的失職、瀆職風險。
房地產開發商明知私自收取業主購房契稅是違法行為，但長期以來壹直將非法收取契稅作為行業慣例，無非是房產證辦理的限制、利益的驅動和業主維權意識的缺失。
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