茅臺酒釀造過程和環境所含的1946種微生物中，細菌有1063種，酵母菌和絲狀真菌有883種。同步分析了17種、39株關鍵功能微生物的全基因組信息，初步實現了微生物實體資源與基因信息的關聯。基於最新的溯源分析技術，揭示了茅臺酒釀造中的微生物主要來源於大曲、原料、生產場所和工具。
茅臺酒釀造技術
茅臺酒生產中，以高粱為原料，稱之為“沙”。壹年壹個周期，只有兩次，第壹次叫下沙投餌，第二次是粗沙，各占投餌量的50%。
第壹次投料，用熱水潤濕後，加入5-7%的母糟(即去年最後壹輪發酵未入窖蒸熟的優質糟醅)，混蒸(蒸糧和蒸酒同時進行)，冷卻，堆制發酵，入窖發酵壹個月。
第二次原料粉碎潤後，加入等量的上述酒糟進行混蒸，蒸餾後得到的第壹次酒稱為“生沙酒”，全部倒回原糟醅中，冷卻後加入壹批蒸餾尾酒，入窖發酵壹個月。