港股通成本價高3%的具體原因是港股通的參考成本價是以港幣計算的，這涉及到買入時港幣換成人民幣，再賣出時人民幣換成港幣的過程。交易參考匯率和交易結算匯率是有區別的。壹般來說，買賣參考匯率比買賣結算匯率多3%。
由於港股通的交易以港幣報價的人民幣結算，券商在買賣港股時，需要在交易前端預先設定預凍結資金的參考匯率。壹般參考匯率與實際匯率相差較大，交易完成後會先扣除再按實際匯率返還。此外，港股通本身收取的費用也高於a股。港股通買賣交易稅費大概有七種，現在收取的費用大概是0.11% ~ 0.3%，交易所費用加上交易費用就是總費用。即券商交割後會返還壹部分資金給客戶，但也高於a股。差價由國稅、券商、港交所收取。