北交所的股票代碼因股票不同而有所不同，有很多種，包括：東方電子（000682）、中國寶安（000009）、精華制藥（002349）等。
北交所首批股票由精選層平移過來，而目前精選層股票代碼不統壹，有83、87打頭的，還有43打頭的，由原來新三板代碼轉換而來，如果成為北交所首批股票，北交所四策中建議有壹個統壹代碼。