軍團菌引起的呼吸道感染常通過供水系統、空調、霧化吸入治療等途徑傳入細菌。所以在這些傳播途徑中要特別註意消毒滅菌。如果病原體來自空調系統，應清洗空調系統的冷卻塔、蒸發器和輸送管道，清除汙泥、雜物和寄生的原蟲、藻類和細菌。循環水需要消毒，常用次氯酸鈉，消毒也可以加熱消毒。水溫50 ~ 60℃3小時，水溫65℃時完全殺滅軍團菌需要25分鐘。可以用鍋爐加熱，使整個供水管道的水溫提高到70℃以上。隨著所有水龍頭和淋浴噴頭的沖洗，臭氧和紫外線消毒也有壹定的效果。
中央空調系統投入使用和使用前，應由衛生防疫部門進行監測，發現軍團菌汙染時，應及時消毒。
使用空調時，房間門窗緊閉，室內空氣流通差，空氣汙染比室外高幾十倍、上百倍。所以裝有空調的房間要開窗通風。通風不良的環境非常適合微生物生長繁殖，不僅使人感染疾病，還會造成食物、衣物等滋生黴菌。