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基因和microrna有多個結合位點。

基因和microrna有多個結合位點。

合生素基因構建的mirna海綿抑制載體經過特殊優化設計,增強吸附能力的同時增加更多的結合位點,從而提高成熟miRNA或siRNA的抑制能力,減弱細胞內miRNA或siRNA引起的基因沈默效應,以研究miRNA或siRNA的功能缺失。

最近設計了壹個項目,驗證microRNA是否與預測的目標基因結合。同時,目的基因3’-UTR區域的SNP是否影響它們的關系。這個SNP位點位於種子區,推測它也有壹定的功能。第壹步是將microRNA克隆到表達載體中,並克隆PGL-3對照熒光素酶基因下遊的3’-UTR區(包括野生型和突變體)。雙轉化後,用熒光素酶報告系統檢測兩個基因是否結合,snp位點是否影響結合。

請告訴我具體的實驗設計:

1.選擇哪個細胞系做實驗,哪個是目的基因和miRNA內源表達高或低。細胞系的基因型影響實驗結果嗎?

2.我選擇的向量合適嗎?如果慢病毒的表達載體(商品)可用於miRNA,可以直接使用還是需要重做?PGL 3號控制室還好嗎?是否有適合克隆的位點,只找到XbaI。PGL-TK作為內控,因為我對這套向量不熟悉,不知道選擇它是否合適。

3.如果驗證成功,需要哪些實驗證據,後續的功能研究如何開展?還需要用RNAi抑制目的基因的表達,然後轉入野生型和突變型基因才能看到效果嗎?