職工行使權利時，其從企業取得的股份的實際購買價格(行權價格)與購買日的公允市場價格(指股份當日收盤價，下同)之間的差額，為其在企業中因業績和表現而取得的與職務和就業相關的所得，按照“工資、薪金所得”的適用規定計算繳納個人所得稅。
對因特殊情況在行權日前轉讓股票期權的職工，其轉讓股票期權的凈收入，作為工資、薪金所得征收個人所得稅。
行權日員工工資薪金應納稅所得額的計算公式如下:
以股票期權形式取得的工資、薪金應納稅所得額=(行權股票的每股市場價格-職工為取得股票期權支付的每股行權價格)×股數。
職工再次轉讓行權股票與購買日公允市場價格的差額，為個人在二級證券市場轉讓股票及其他證券取得的所得，按照財產轉讓所得適用的免稅、免稅額規定計算繳納個人所得稅。