1992年10月26日，公司前身南京科遠自動化研究所創立。
1993年5月27日，公司在南京市江寧開發區創立，以智能儀表的研發、銷售、生產為主營業務。
2004年10月，被授予國家火炬計劃江寧電力自動化產業基地核心骨幹企業榮譽稱號。
2005年6月，被國家科學技術部認定為國家火炬計劃重點高新技術企業。
2007年1月，被中國民營科技促進會和科技日報社評選為全國優秀民營科技企業。
2007年3月28日，南京科遠自動化集團股份有限公司（簡稱科遠股份）成立，組織形式由有限責任公司變更為股份有限公司。
2008年9月，總投資4.5億元的新園區開工建設。
2008年10月，獲批組建江蘇省熱工自動化工程技術研究中心。
2008年11月，南京科遠博士後科研工作站獲得授牌。
2010年3月31日，科遠股份（股票代碼：002380 ）成功登陸深交所中小企業板。
2011年9月3日，“江蘇省智能工業產業聯盟成立大會暨揭牌儀式”在南京隆重召開，科遠股份等30家企業牽手成立江蘇省智能工業產業聯盟，為聯盟秘書長單位 ；