合肥南站是合肥軌道交通1線壹、二期由北向南的11站，位於龍川路與廬州大道交叉口西南角附近，在徽州大道與廬州大道之間的高鐵合肥南站下方，車站沿州火車站下部呈南北方向布置。
據了解，合肥地鐵合肥南站是1、4、5號線的換乘樞紐站。合肥南站計劃在國鐵出站層設置3個出入口，在北廣場設置2個出入口進入地鐵站。