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壹個簡單的用R語言實現SSR數據主成分分析的小例子

樣本數據來自r語言包poppr,csv文件存儲,數據格式如下。

使用R語言的poppr包中的read.genalex()函數。

第壹次需要安裝Poppr。

讀入數據

讀取的數據直接是genclone對象,用函數genclone2genind()轉換成GeninObject,然後用ade4包中的函數dudi.pca()進行主成分分析。

主成分的結果存儲在li中。

我還是覺得應該分組做散點圖。

明天繼續這部分推文吧!