壹、所屬公司不同
神舟數碼是屬於聯想集團。
神舟電腦屬於深圳市神舟電腦股份有限公司。
二、經營的範圍不同
神州數碼：涉及IT規劃咨詢、IT基礎設施系統集成、解決方案設計與實施、應用軟件設計及開發、IT系統運維外包、物流維保等領域。
神州電腦：是壹家以IT( Information Technology)、IA(Information Application)為主業，以電腦技術開發為核心，集研發、生產、銷售為壹體的高科技企業。在11年的時間裏，神舟電腦走過了壹條從創立自有品牌的電腦整機，到實現自主研發生產高性能筆記本電腦、臺式電腦、液晶壹體電腦、LCD液晶顯示器和智能電視及其周邊設備的穩步發展之路。
三、規模不同
神舟數碼：2001年，神州數碼在香港聯合交易所主板上市（股票代碼 00861.HK）。業務規模已達港幣700多億元，近20000多名員工，在全國50多個城市擁有駐在機構。
神舟電腦：神舟電腦總資產超過30億元人民幣，擁有深圳市神舟新銳電腦設備有限公司、昆山神舟電腦有限公司、深圳市神舟創新科技有限公司、深圳市新舟科技有限公司以及神舟電腦香港有限公司5家下屬子公司。截止2020年10月份還未上市。