當涉及非同壹控制下的企業合並時，發行股票的費用處理方式是計入當期損益。這是指這些費用直接與企業的當前利潤或虧損相關，通常在會計科目表中的損益類科目中反映，並會在月底結轉至本年利潤賬戶。根據《關於印發企業會計準則解釋第4號的通知》的解釋，購買方在合並過程中支付的審計、法律服務、評估咨詢等中介費用以及相關管理費用，應當在費用發生時直接計入當期損益。而發行權益性證券或債務性證券的交易費用，則應被計入這些證券的初始確認金額。
值得註意的是，在2010年發布的《企業會計準則講解（2010）》中，對非同壹控制下控股合並的初始投資成本計算進行了調整，明確了購買方的費用處理方式。盡管2014年修訂的《企業會計準則第2號——長期股權投資》第五條保留了這壹規定，但與企業合並準則的同步調整沒有完全到位，形成了壹些理論上的矛盾。總體而言，當涉及此類企業合並時，費用的會計處理應遵循上述準則。