1、投資標的不同：滬基主要投資上海證券交易所上市的醫藥類股票，深基主要投資深圳證券交易所上市的醫藥類股票。
2、重點關註領域不同：滬基側重於大型制藥企業和生物科技公司，而深基更註重中小型制藥企業和醫療器械公司。