該病毒為單鏈小RNA病毒，基因長度為7.4kb，其中堿基(G+C)含量約為47%。兩端為保守的非編碼區，中間為編碼區。5’-末端* * *價結合蛋白Vpg的小分子(約7kDa)，與病毒RNA合成和基因組組裝有關；3’末端的PolyA尾。編碼區編碼的病毒結構蛋白VP1~VP4與EV71和CoxV相同，VP1、VP2和VP3都暴露在病毒衣殼表面，具有中和抗原位點。VP4位於衣殼內。病毒VP1壹旦與受體結合，VP4就會被釋放，衣殼就會松動，病毒基因組就會脫殼滲透。5’非編碼區沒有多聚嘧啶區和多聚C區。每種類型的特征
每個衣殼顆粒有四種衣殼蛋白，即VP1-VP4，都具有抗原活性。根據衣殼上特異性抗原的不同，埃可病毒最初被分為34個亞型。後來發現1型和8型抗原相同，10型歸類為呼腸孤病毒，28型歸類為鼻病毒，34型為CoxA24的變異體。因此，埃可病毒由原來的34個血清型重新分類為30個血清型，血清型之間存在交叉免疫反應。目前能引起手足口病的埃可病毒主要是埃可病毒11病毒，具有凝集人O型紅細胞的能力。