港股通交易日開市前，由中國按照交易所銀行提供的匯率進行結算，並通過上海證券交易所網站向市場公布。參考匯率包括兩項:港元買入參考價格和港元賣出參考價格。國內證券公司可以使用參考匯率來控制投資者的資金。即投資者買入港股時，證券公司以港幣賣出價計算投資者需要支付的人民幣資金；投資者賣出港股時，證券公司以港幣參考價格計算投資者可獲得的人民幣資金。
結算匯率是指當日收盤後，中國結算以港股通全市場的凈清算量(單邊、凈應收或凈應付)為基礎，在香港與外匯銀行進行外匯兌換後，將匯兌成本平均分攤到根據當日所有買賣交易計算的實際適用匯率。結匯匯率包括買入結匯匯率和賣出結匯匯率。