據不完全統計，祁連山有維管植物1200種左右，是我國西北植物多樣性最豐富的地區之壹。
科研人員對祁連山物種多樣性豐富地區開展了多次集中調查，先後在甘肅天祝古城林區、夏瑪林區、哈溪林區，武威西營河林區，青海祁連、門源、大通等地采集圖片3萬余張，並從中篩選出2196張圖片，編輯成《祁連山維管植物彩色圖譜》。該圖譜的植物中文名稱和《中國植物誌》保持壹致，附有拉丁學名和中文名稱索引。
據了解，關於祁連山植物的研究，早期主要由俄國探險家進行。他們曾先後四次到中國探險，有三次進入祁連山采集大量標本。後來，美國和匈牙利的科學家也對祁連山植物進行了標本采集。我國學者對祁連山植物的采集研究主要在1949年之後。