首先，兩者的本質不同:
1，新三板掛牌的本質:中關村科技園區未上市的股份公司進入代辦轉讓系統進行股份轉讓，稱為新三板。
2.a股上市的本質:人民幣普通股。
第二，兩者的含義不同:
1，新三板掛牌的意義:新三板的意義主要是針對公司，會給企業和公司帶來巨大的利益。
2.a股上市的意義:境內機構、組織或個人以人民幣認購並交易的普通股(2013年4月起，1，中國大陸及港澳臺居民可開立a股賬戶)。a股不是實物股，無紙化核算，實行T+1交割制度，有漲跌幅限制。參與的投資者為中國大陸機構或個人。
第三，兩者的特點不同:
1，新三板掛牌特點:新三板(掛牌公司)掛牌後，可實施定向增發，提高公司信用等級，幫助企業更快融資；新三板上市公司和股東的股票可以在資本市場以較高的價格流通，實現資產增值；股東股份可以合法轉讓，提高股份的流動性。
2.a股上市的意義:a股是由在中國境內註冊、在中國境內上市、以人民幣計價的公司發行，供中國境內(不含港澳臺)的個人和機構以人民幣進行交易和認購。
百度百科-新三板
百度百科-新三板掛牌
百度百科-A股