1，概念不同，三板主要是解決股票從主板退市；新三板是面向未上市公司的全國性股權交易平臺，主要面向中小企業。目前新三板分為基礎層和創新層。
2.交易規則不壹樣。三板價格漲跌幅限制在5%以內，三板凈資產為負的公司股票每周壹、三交易。凈資產為正的公司壹周交易五次，未能按時披露年報的公司周五只能交易壹次。新三板創新層波動限制在50%，新三板基礎層波動限制在100%。交易次數沒有限制。
3、股票代碼不同，三板代碼以40開頭；新三板代碼以43、87、83開頭。