2006年公司實施重大資產重組,註入醫藥資產,公司成為擁有江西仁和藥業有限公司、江西銅鼓仁和制藥有限公司、江西吉安三力制藥有限公司等多家子公司的現代醫藥生產經營企業。
因為九江化纖2003年、2004年、2005年連續三年虧損,所以於2006年5月15日被深圳證券交易所暫停上市。2006年6月17日經江西省人民政府批準,由仁和集團采取“殼資分離、資產置換”方式,將仁和集團旗下江西仁和藥業有限公司、江西銅鼓仁和制藥有限公司、江西吉安三力制藥有限公司100%的股權註入上市公司,徹底置出原化纖類資產。
2006年12月25日重組方案獲得上市公司股東大會高票通過;2007年3月21日仁和藥業股份有限公司上市獲得證券交易所核準,定於2007年3月29日在深圳證券交易所復牌交易。