場內股票質押與場外股票質押的最大不同是其交易結構及業務流程的不同。場外直接由質權人向中證登申報，而場內則須委托證券公司向交易所申報，再向中登逐級電子申報。場內質押最快的甚至壹周可完成，而場外的最快也要將近兩個月。
場內及場外股票質押業務所依據的業務指南及辦法也不同。以深市股質業務為例，場內質押業務須遵循深交所發布的《股票質押式回購交易及登記結算業務辦法（試行）》 ，該管理辦法細致規定了業務協議內容、交易要素。清算交收與質押登記、違規處置與異常情況處理、風險管理等方面的內容，是對場內質押業務的綜合管理性辦法。場外質押業務則依據《中國結算深圳分公司證券質押業務指南》，主要規定了質押登記、解質押登記、處置過戶等業務辦理流程，法規屬性為業務規程，是對場外質押業務的實務操作指南。