氯喹及其他4-氨基喹啉抗瘧藥(如哌喹、氨基酚等。)主要作用於瘧原蟲紅內期，可能幹擾瘧原蟲裂殖子的DNA復制和轉錄或阻礙其內吞作用，從而使寄生蟲因缺乏氨基酸而死亡。本品能有效控制瘧疾癥狀的發作。對紅外期無影響，不能防止復發，但由於作用持久，可延緩復發(惡性瘧疾因無紅外期可治愈)。對初級紅外期沒有影響，對配子體沒有直接作用，所以不能從病因學上預防，不能阻斷傳播。